丘处机隐居皤溪(今陕西省宝鸡市西南)潜修7年，又迁陇州龙门山潜修6年。期间，他“烟火俱无，箪瓢不置”，“破衲重披，寒空独坐”，生活极为清苦。但他“静思忘念，密考丹经”，潜心于养生学和道学的研究，并广交当地文人学士，获得了丰富的历史、文化知识。他应金世宗召，从王重阳故居赴燕京(今北京)，奉旨塑王重阳、马丹阳(时已去世)像于官庵，并主持了“万春节”醮事。向皇帝作“持盈守成”的告诫，名声大振。

　　1191年，丘处机东归故里栖霞，在平山脚下修建了一处修道之所，金章宗皇帝赐匾额“太虚观”，即后来的太虚宫。因太虚宫地处滨都里村，栖霞人俗称之“滨都宫”。当时，太虚宫规模宏大，影响深远。公元1207年，元妃遥拜丘处机为师，并赠《道藏》六千余卷，驿送“太虚观”。为扩大全真教的影响，丘处机又于1208年后两访崂山，足迹遍及青州、登州、莱州等地。

　　丘处机成为全真教第五任掌门时，由于战乱纷繁、民生疾苦，很多人为寻找心灵寄托纷纷加入全真教，全真教在北方声名大振。而年届七旬的丘处机鹤发童颜、碧眼方瞳，于是外界纷纷传说他精通“长生不老之术”和“治天下之术”。 1219年，希望长生的成吉思汗下发诏书邀请丘处机与其会面。

　　为了劝蒙古大汗少杀无辜，丘处机不顾72岁高龄，率领18名弟子，跋山涉水西行数万里，终于在印度河上游的行宫拜见了成吉思汗，往返历时4年。

　　丘处机一行在万里西行的过程中，沿途向各族群众传道，招收信徒。足迹还遍及今蒙古、吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、阿富汗等国。他将我国传统文化展示给各国群众，增进了中华民族与中亚的友谊。1222年初夏，丘处机在到达成吉思汗西征军行营后，随军征战、驻扎数月之久。他多次与成吉思汗长谈，并不断以身边小事劝诫他。史书将丘处机“刀下救人”概括为“一言止杀”，这在一定程度上恢复了中原地区的经济，缓和了一些民族矛盾，为元朝统一中国做出极大贡献。